BacDive
 | |
| 內容 | |
|---|---|
| 說明（描述） | 細菌多樣性數據庫 |
| 相關信息 | |
| 研究中心 | 萊布尼茨研究所DSMZ—德國微生物與細胞培養物保藏中心有限公司 |
| 主要參考文獻（引用） | PMID 39470737 |
| 發布日期 | 2012年 |
| 訪問 | |
| 網站 | http://bacdive.dsmz.de/ |
| 網絡服務網址 | https://api.bacdive.dsmz.de/ |
| 網絡協議與資源描述框架查詢語言端點 | https://sparql.dsmz.de/bacdive/ |
細菌多樣性數據庫（英語：Bacterial Diversity Database），其混成詞簡稱為BacDive，是全球最大的標準化細菌和古菌菌株級信息數據庫。
BacDive是一個綜合資源，包含有關細菌和古菌菌株的多種數據，包括生物分類學、形態學、生理學、採樣和環境數據以及序列信息。[1][2]該數據庫建立在來自培養物保藏中心的精選數據基礎上。2025年，BacDive包含99,392個菌株的信息，其中包括21,168個模式菌株。該數據庫由萊布尼茨研究所DSMZ—德國微生物與細胞培養物保藏中心有限公司託管，是綜合DSMZ數字多樣性基礎設施的一部分。BacDive是de.NBI（德國生物信息學基礎設施網絡）和ELIXIR（歐洲生命科學生物信息基礎設施）的成員。全球生物數據聯盟於2022年將BacDive指定為全球核心生物數據資源（Global Core Biodata Resource，GCBR）。[3] 2023年，BacDive被另外命名為ELIXIR核心數據資源。[4]
數據庫內容
[編輯]BacDive最初於2012年4月發布，旨在標準化並公開菌種保藏中心、其他文庫和出版物的菌株數據。首次發布版本包含18,157個菌株的89,758個條目和179個不同用途的數據字段。[5]
如今（截至2024年12月），該數據庫涵蓋超過1000個不同的數據字段。數據庫目前包含2,709,516個條目，涵蓋99,392個菌株。每個條目都連結到一個參考文獻。[6] 每個菌株的數據分為「名稱和分類學」、「形態學」、「培養和生長條件」、「生理和代謝」、「分離、採樣和環境信息」、「安全信息」、「序列信息」等類別。[7]
自2023年以來，使用經過精選BacDive數據訓練的機器學習模型生成的高質量預測數據可以在題為「基於基因組的預測」的附加部分中找到。[8]
數據訪問
[編輯]可以通過圖形用戶界面（GUI）、RESTful網絡服務或SPARQL協議與資源描述框架查詢語言端點訪問數據。[9]
GUI提供簡單的搜索功能，可自動完成按菌株名稱、菌種保藏編號、NCBI分類標識符編號或國際核苷酸序列數據庫合作組織（INSDC）序列登錄號進行搜索。此外，用戶還可以使用高級搜索功能，該功能支持130個數據字段的搜索，並通過組合多個字段進行複雜查詢。數據可以以逗號分隔值（CSV）格式下載，包含一個或多個菌株。[10]
通過RESTful網絡服務門戶BacDive內容可以自動訪問（需要免費註冊）。為了支持應用程式接口（API）的使用，Python和R語言的軟件客戶端可用。
其它數據庫
[編輯]對於BacDive關注範圍之外的數據，提供了其它數據庫的連結。
DSMZ數字多樣性基礎設施內的其他數據庫：
外部數據庫：
- 歐洲生物信息研究所（EBI）
- 生物學意義化學實體數據庫（ChEBI）
- 美國國家生物技術信息中心（NCBI）
- 微生物圖譜（MicrobeAtlas）
參考文獻
[編輯]- ^ Abu-Jamous, Basel; Fa, Rui; Nandi, Asoke K. Integrative Cluster Analysis in Bioinformatics. John Wiley & Sons. 2015: 448. ISBN 9781118906552.
- ^
Reimer, LC; Sardà Carbasse, J; Koblitz, J; Ebeling, C; Podstawka, A; Overmann, J. BacDive in 2022: the knowledge base for standardized bacterial and archaeal data. Nucleic Acids Research. January 7, 2022, 50 (Database issue): D741–D746. PMC 8728306
. PMID 34718743. doi:10.1093/nar/gkab961.
- ^ Database from Braunschweig is essential for global bacteria research. dsmz.de. [14 November 2024].
- ^ ELIXIR announces new Core Data Resources and Recommended Interoperability Resources. elixir-europe.org. 14 December 2023 [14 November 2024].
- ^ Söhngen, C; Boyke, B; Podstawka, A; Gleim, D; Overmann, J. BacDive - The Bacterial Diversity Metadatabase. Nucleic Acids Research. October 13, 2013, 42 (Database issue): D592–D599. PMC 3965005 . PMID 24214959. doi:10.1093/nar/gkt1058.
- ^ BacDive News. December 19, 2024.
- ^ Reimer, LC; Vetcininova, A; Sardà Carbasse, J; Söhngen, C; Gleim, D; Ebeling, C; Overmann, J. BacDive in 2019: bacterial phenotypic data for High-throughput biodiversity analysis. Nucleic Acids Research. September 17, 2018, 47 (Database issue): D631–D636. PMC 6323973 . PMID 30256983. doi:10.1093/nar/gky879.
- ^ Schober, I; Koblitz, J; Sardà Carbasse, J; Ebeling, C; Schmidt, ML; Podstawka, A; Gupta, R; Ilangovan, V; Chamanara, J; Overmann, J; Reimer, LC. BacDive in 2025: the core database for prokaryotic strain data.. Nucleic Acids Research. 29 October 2024, 53 (D1): D748–D756. PMC 11701647 . PMID 39470737. doi:10.1093/nar/gkae959 .
- ^ Söhngen, C; Podstawka, A; Boyke, B; Gleim, D; Vetcininova, A; Reimer, LC; Ebeling, C; Pendarovski, C; Overmann, J. BacDive - The Bacterial Diversity Metadatabase in 2016. Nucleic Acids Research. September 30, 2015, 44 (Database issue): D581–D585. PMC 4702946 . PMID 26424852. doi:10.1093/nar/gkv983.
- ^ Schober, I; Koblitz, J; Sardà Carbasse, J; Ebeling, C; Schmidt, ML; Podstawka, A; Gupta, R; Ilangovan, V; Chamanara, J; Overmann, J; Reimer, LC. BacDive in 2025: the core database for prokaryotic strain data.. Nucleic Acids Research. 29 October 2024, 53 (D1): D748–D756. PMC 11701647 . PMID 39470737. doi:10.1093/nar/gkae959 .
外部連結
[編輯]
- 在BacDive上進行簡單搜索
- 在 BacDive上進行高級搜索
- BacDive的網絡服務 互聯網檔案館的存檔，存檔日期2016-09-17.