Pfam
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| 內容 | |
|---|---|
| 說明（描述） | Pfam數據庫為蛋白質結構域提供比對和隱馬爾可夫模型 |
| 獲取的數據類型 | 蛋白質家族 |
| 有機體（生物） | 全部 |
| 相關信息 | |
| 研究中心 | 歐洲生物信息研究所 |
| 主要參考文獻（引用） | PMID 19920124 |
| 訪問 | |
| 數據格式 | 斯德哥爾摩格式 |
| 網站 | www |
| 下載網址 | 文件傳輸協議 |
| 其它信息 | |
| 許可 | GNU寬通用公共許可證 |
| 版本 | 37.0 |
| 可否列為書籤 | 是 |
蛋白質家族數據庫（英語：Pfam，其為protein family〔蛋白質家族〕的混成詞），是一個蛋白質家族資料庫。此資料庫會利用隱馬爾可夫模型進行多重序列比對以及加上蛋白腳註[1][2][3]。
特色
[編輯]Pfam中所登錄的每一個蛋白質家族可以：
- 查詢多重序列比對
- 查看蛋白質主要結構
- 檢視物種演化樹
- 連結其他資料庫
- 查看已知的蛋白質結構
Pfam內的蛋白質家族描述由維基百科使用者管理。
Pfam的最新版本是「Pfam 34.0」（2021年3月，共計19,179個家族）[4]
參見
[編輯]- TrEMBL Database performing an automated protein sequence annotation
- InterPro Integration of protein domain and protein family databases
- PDBfam（頁面存檔備份，存於互聯網檔案館） — thorough assignment of Pfam domains to sequences in the Protein Data Bank (PDB)[5][6]
參考文獻
[編輯]- ^ Finn RD, Tate J, Mistry J, Coggill PC, Sammut SJ, Hotz HR, Ceric G, Forslund K, Eddy SR, Sonnhammer EL, Bateman A. The Pfam protein families database. Nucleic Acids Res. 2008, 36 (Database issue): D281–8. PMC 2238907
. PMID 18039703. doi:10.1093/nar/gkm960.
- ^ Robert D. Finn, Jaina Mistry, Benjamin Schuster-Böckler, Sam Griffiths-Jones, Volker Hollich, Timo Lassmann, Simon Moxon, Mhairi Marshall, Ajay Khanna, Richard Durbin, Sean R. Eddy, Erik L. L. Sonnhammer, Alex Bateman. Pfam: clans, web tools and services. Nucleic Acids Research. 2006-01-01, 34 (Database issue): D247–251 [2019-02-12]. ISSN 1362-4962. PMC 1347511 . PMID 16381856. doi:10.1093/nar/gkj149. （原始內容存檔於2019-10-16）.
- ^ Alex Bateman, Lachlan Coin, Richard Durbin, Robert D. Finn, Volker Hollich, Sam Griffiths-Jones, Ajay Khanna, Mhairi Marshall, Simon Moxon, Erik L. L. Sonnhammer, David J. Studholme, Corin Yeats, Sean R. Eddy. The Pfam protein families database. Nucleic Acids Research. 2004-01-01, 32 (Database issue): D138–141 [2019-02-12]. ISSN 1362-4962. PMC 308855 . PMID 14681378. doi:10.1093/nar/gkh121. （原始內容存檔於2019-03-28）.
- ^ Pfam release notes. Sanger. [2012-01-12].[永久失效連結]
- ^ Dunbrack, Roland. PDBfam. PDBfam. Fox Chase Cancer Center. [9 March 2013]. （原始內容存檔於2015-10-01）.
- ^ Xu, Qifang; Dunbrack, Roland. Assignment of protein sequences to existing domain and family classification systems: Pfam and the PDB. Bioinformatics. 2012, 28 (21): 2763–72. PMC 3476341 . PMID 22942020. doi:10.1093/bioinformatics/bts533.
